Esta entrada será bastante corta, pero igual y puede ayudar a algunos que se encuentren en situaciones similares a las nuestras.
Hace poco nos topamos con una configuracion de un tomcat en H-A que desplegaba cierta aplicación, el detalle era al manejar los diacríticos... no los procesaba adecuadamente.
Se reviso el server.xml y si contenia en los diferentes "Conectores" el URIEncoding y similares. Revisando la capa externa (un bonito apache 2.2), también notamos que esta correctamente configurado con los valores como debiera... Y sin embargo las peticiones y las respuestas seguian fallando con letras como Ñ.
La solución no es muy intuitiva, sin embargo el error se lleva a cabo por la siguiente "Valve" de Tomcat: